Beacon Designer

Beacon Designer官方版是一款专业的定量PCR引物和探针设计辅助工具。Beacon Designer最新版内置了许多的化学公式以及生物数据的分析功能，能够帮助用户直接建立分析项目。Beacon Designer软件还能够将分析的生物数据转换为基因模型，方便用户更好的查看。

Beacon Designer软件介绍

      beacon designer可以帮助您设计生物实验分析方案，可以让您在制作一些生物模型的时候获得更好的数据分析平台，本软件可以结合一些化学的公式使用，您可以在分析生物数据的时候加载一些化学的公式到软件上标注，也可以将分析的生物数据转换为基因模型的方式查看;对于pcr引物设计方面的运用还是非常良好的，体用了多种生物反应以及DNA引物的分析技术，让软件帮助您完成后期实验数据的分析以及报告制作!

Beacon Designer软件功能

      1、FRET探针

      FRET探针-设计出不含二聚体，重复序列和运行序列的最佳FRET探针，以确保信号保真度。

      多重FRET探针和引物-检查FRET探针是否与所有引物交叉杂交，以防止多重反应竞争。

      评估预先设计的FRET探针和引物-允许使用SYBR®green引物设计最佳的FRET探针。

      算法-使用高度精确的SantaLucia最近邻居计算Tm热力学值。

      图形视图-显示探针二级结构的图形视图。

      2、Scorpions®底漆设计

      Scorpions®Primer-设计最佳的标准引物，Scorpions®引物，Probe和Scorpions®，不含二聚体，重复序列和运行序列，可确保信号保真度。

      等位基因识别-设计Scorpions®来检测野生和突变等位基因。

      MultiplexScorpions®和引物-检查Scorpions®是否具有交叉同源性，所有引物可防止多重反应竞争。

      预先设计的Scorpions®引物-允许使用预先设计的探针/引物来设计最佳引物/探针和蝎子。

      Tm计算-高精度发夹Tm计算。

      图形视图-显示设计的Scorpions®Primer的图形视图。

      3、底漆设计

      设计引物-设计针对SYBR®Green / Beacon /TaqMan®/ FRET /Scorpions®/ HRMA应用优化的引物对。

      算法-使用高度精确的SantaLucia最近邻居热力学值计算引物Tm。

      引物等级-根据引物效率对引物进行排名。根据引物的热力学性质和二级结构筛选综合标准引物。

      自动引物多路复用-检查引物池中的同源性，以减少引物二聚体。

      预先设计的引物-允许将先前设计的引物用于信标，TaqMan®，FRET，HRMA和SYBR®Green分析。

      避免模板的二级结构-设计引物时自动避免模板中的二级结构。

      避免交叉同源性-通过自动避免使用BLAST发现的同源性来确保信号保真度。

      引物扩增子和探针BLAST搜索-BLAST搜索引物，扩增子和探针以验证设计的特异性。

      SNP扩增用于信标，TaqMan®，FRET和HRMA化学试剂的引物旨在扩增SNP。 SYBR®Green引物的设计应使区分等位基因的核苷酸位于其中一种引物的3'末端碱基处。可以将HRMA分析设计为扩增SNP和所有其他类型的突变，例如取代，缺失，插入等。

      一致的条件-运行中的所有引物均针对相同的PCR反应条件进行了优化。

      4、爆炸搜索

      选择性cDNA扩增-通过设计跨外显子/外显子和外显子-内含子边界的引物来避免gDNA污染。外显子区域通过解释GenBank标头注释来识别。也可以手动指定它们。

      BLAST搜索-BLAST搜索整个序列，设计引物和扩增子以显现特异性。

      BLAST数据库-使用独立的BLAST搜索本地自定义数据库，或直接连接到NCBI服务器以获取公共数据库。

      重复和低复杂度区域-优化BLAST搜索参数以在搜索NCBI可用的基因组数据库时检测重复和低复杂度区域。

      BLAST结果视图-提供在序列，引物对，扩增子和探针上搜索BLAST的结果视图。

      5、数据库和数据管理

      设计模式-Beacon和TaqMan®设计位于不同的模块中：允许在运行时进行模式切换。

      项目-创建多个项目。通过为每个实验创建单独的项目，可以轻松管理多个实验的数据。

      应用程序数据库-维护用于序列信息和搜索结果的本地数据库。

Beacon Designer软件特色

      提供了多种引物的分析功能。

      可以在生物序列上完成更多的基因分析。

      支持使用基因突变的序列加载到实验上分析。

      支持使用DNA引物分析查看实验数据的变化。

      支持在生物分析上扩展数据的变化以及外部分子。

      支持建立多种基因的序列分析。

      可以帮助您测试氨基酸的研究数据。

      可以让您在分析生物序列的时候获得更好的指标。

      支持将测试的单核苷酸生成图形显示。

      支持生物链的制作以及基因模型制作。

Beacon Designer更新日志

      1.修改用户提交bug

      2.添加新功能